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實時熒光定量PCR與普通PCR二者的實驗結果相同，都能說明生物體外的特殊DNA復制的整個過程的擴增效率和溶解溫度情況。但是二者也有以下不同之處。
1、二者系統組成不同
熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號采集系統和計算機分析處理系統。
2、二者原理不同
熒光定量PCR實時監測與DNA結合的熒光染料激發的熒光，普通OCR通過檢測插入DNA中核算染料的量來測定PCR最終產物量。
3、二者反應要求不同
熒光定量PCR對擴增片段有較高的要求，一般為100-300bp，普通PCR可以擴增長點的片段。
4、二者應用不同
熒光定量PCR主要是用來定量分析和確定基因轉錄水平的，普通的PCR儀是做定性分析和擴增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，反之不行。
5、二者測量成本不同
定量PCR儀價格較為昂貴，普通的基因擴增儀(PCR儀)只能夠定性地分析是否存在目標片段。但是價格要低很多，而且運行成本也要低很多。
實時熒光定量PCR技術有效地解決了傳統定量只能終點檢測的局限，實現了每一輪循環均檢測一次熒光信號的強度，并記錄在電腦軟件之中，通過對每個樣品Ct值的計算，根據標準曲線獲得定量結果。
